ImageJ – een software voor het analyseren en verwerken van de beeldbestanden. De software is in staat om effectief te analyseren de afbeelding en ontvang de gedetailleerde technische gegevens. ImageJ ondersteunt de meeste beeldformaten en heeft een set van editing tools. De software maakt het mogelijk om de verschillende geometrische transformaties produceren, maakt de dichtheid histogrammen, voeren 3D-visualisatie, het uitvoeren van de logische en rekenkundige bewerkingen tussen de beelden, etc. ImageJ is in staat om gelijktijdig te werken met meerdere afbeeldingen, de verschillende filters toe te passen en het gedrag van de batch-verwerking van bestanden. ImageJ bevat veel plagins die de mogelijkheden van de software aanzienlijk verlengen.